کنترل دما در سیستم. دمای مناسب در روز ۱۸ تا ۲۴ درجه سانتی گراد و در شب ۱۲ تا ۱۸ درجه سانتی گراد می باشد. برای تنظیم دما می توانید از ترموستات و فن استفاده کنید. در زمان های مختلف رشد نیاز به تنظیم دماهای مختلفی می باشد. دمای محلول رشد نیز باید ۲۰ تا ۲۲ درجه سانتی گراد باشد. دمای محلول نباید بالاتر از ۲۶ درجه و پایین تر از ۱۵ درجه برود.
فن در فضا روشن کنید. استفاده از فن خروجی به حفظ درجه حرارت کل اتاق کمک می کند. ایجاد جریان هوا به گرده افشانی گیاه نیز کمک می کند. البته گرده افشانی با دست نیز انجام می گیرد.
به مخزن آب سیستم هیدروپونیک محلول غذایی اضافه کنید. به هیچ عنوان از محلول های آلی در سیستم هیدروپونیک استفاده نکنید چون احتمال تجزیه ی آن ها و پیچیده شدن مراقبت از سیستم وجود دارد. با توجه به متفاوت بودن نوع گوجه فرنگی و میزان مواد معدنی موجود در آن ممکن است نیاز به محلول های مواد غذایی نیز وجود داشته باشد. باید با توجه به دستورالعمل درج شده روی بسته بندی محلول از میزان مصرف آن مطلع شویم. با توجه به این که نمی توان برخی از مواد را باهم ترکیب نمود و یا به منظور کاهش ضایعات بهتر است از محلول های غذایی دو قسمتی استفاده کنید.
باید ph آب سیستم را با استفاده از کیت اندازه گرفت. از یک کیت یا کاغذ لیتموس برای اندازه گیری ph آب بهره ببرید. اگر ph در محدوده ی ۵.۸ تا ۶.۳ نبود با افزودن مواد قلیایی یا اسید آن را تنظیم کنید. با افزودن اسید فسفریک نیز می توانید ph را کم کنید.
چراغ های رشد گیاهان را در سیستم نصی نمایید. این چراغ ها در مرحله رشد به گیاهان کمک شایانی می کنند و بهتر می توان نور را برای سیستم تنظیم نمود. این از مزایای سیستم هیدروپونیک است. برای شبیه سازی دقیق می توانید از لامپ های متال هالید استفاده کنید.
دقت بر روی آبیاری سیستم. بهترین روش برای اندازه گیری غلظت مواد مغذی در آب استفاده از دستگاه EC می باشد. نتایج نشان می دهد که آب باید تغییر کند یا خیر. اگر دستگاه را نداشتید از روش های زیر بهره برید:
زمانی که نوک برگ ها به سمت پایین حلقه شود یعنی محلول غلیظ بوده و باید آن را با آب۶ ph رقیق کرد.
در صورت قرمزی ساقه و یا حلقه شدن برگ ها به سمت بالا نشان می دهد که ph آب کم می باشد.
به طور منظم باید محلول غذایی و آب در این سیستم جایگزین شود. اگر سطح آب افت پیدا کند باید سریعا آب اضافه کنید. اگر گیاهان سالم نبودند باید هر هفته یا دو هفته ای آب را خالی نمایید و دوباره آب و مواد غذایی جایگزین کنید.